Naetle (ナエトル) = 苗 nae, Seed + タートル Turtle.
Hayashigame (ハヤシガメ) = 林 hayashi, Grove + カメ kame, Turtle.
Dodaitoise (ドダイトス) = Not sure. トス is obviously from トートス (Tortoise). Dodai means 土台
(basis, foundament) but it's unlikely because it has nothing to do with this Pokemon.
Hikozaru (ヒコザル) = 火 hi, Fire + 小猿 ko saru, Small ape.
Moukazaru (モウカザル) = 猛火 mouka, Raging Flame + 猿 saru, Ape.
Goukazaru (ゴウカザル) = 豪華 gouka, Splendour or Extravagance + 猿 saru, Ape.
Potchama (ポッチャマ) = ポチャポチャ pochapocha, Splashing sound effect. + おぼっちゃま obotchama, Wealthy Kid (refers to it "spoilt child"-like attitude)
Pottaishi (ポッタイシ) = From ポチャポチャ pochapocha, Splashing sound effect. + 太子 taishi, Clown Prince.
Empelt (エンペルト) = It's from english エンペラー (Emperor), which is reference to Emperor Penguin, the species of penguin (biggest penguin) and ペルト Pelt (as hail pelts).
Mukkuru (ムックル) = ムクドリ mukudori, Starling + クルクル kurukuru, Sound effect made by bird
Mukubird (ムクバード) = ムクドリ mukudori, Starling + バード Bird.
Mukuhawk (ムクホーク) = ムクドリ mukudori, Starling + ホーク Hawk.
Bippa (ビッパ) = Corruption of ビーバー Beaver.
Beadal (ビーダル) = ビーバー Beaver + ?.
Koroboshi (コロボーシ) = コオロギ koorogi, Grasshopper + 黒星 kuroboshi, Black dot, reffering to its black accents.
Korotok (コロトック) = コオロギ koorogi, Grasshopper + ?.
Kolink (コリンク) = 子 ko, Child + リンク Link (unlikely).
Luxio (ルクシオ) = From ルクス Lux (latin for Light).
Rentler (レントラー) = レントゲン Röntgen (The guy who discovered X-Rays) + 虎 tora, Tiger.
Subomy (スボミー) = 蕾 tsubomi, Flower bud.
Roserade (ロズレイド) = ローズ Rose + マスクレイド Masquerade.
Zugaidos (ズガイドス) = 頭蓋 zugai, Cranium
Lampard (ラムパルド) = No idea.
Tatetops (タテトプス) = 盾 tate, Shield (referring to its fossil) + トリセラトプス Triceratops.
Tridepth (トリデプス) = 砦 toride, Fortress + トリセラトプス Triceratops.
Minomucci (ミノムッチ) = Corruption of ミノムシ minomushi, Bagworm.
Minomadame (ミノマダム) = ミノムシ minomushi, Bagworm + マダム Madame (because it's female only)
Garmale (ガーメイル) = 蛾 ga, Moth + メール Male (because it's male only)
Mitsuhoney (ミツハニー) = 三 mitsu, third (reffering to its three heads) + ハニー Honey.
Beequeen (ビークイン) = English ビー Bee + クイーン Queen (banal name).
Pachirisu (パチリス) = パッチリ patchiri, Bright + リス risu, Squirrel.
Buoysel (ブイゼル) = ブイ Buoy + ウィーゼル Weasel.
Floosel (フローゼル) = フロート Float + ウィーゼル Weasel.
Cherrinbo (チェリンボ) = チェリー Cherry + 林木 rinboku, Forest Tree.
Cherrim (チェリム) = Corruption of チェリー Cherry.
Karanakushi (カラナクシ) = Not sure, but it has to do something with 殻 kara, Shell.
Tritodon (トリトドン) = トリトン Triton + ドン Don (King/Lord).
Etebose (エテボース) = ? + ボス Boss.
Fuwante (フワンテ) = フワフワ fuwafuwa, Airy + 不安定 fuantei, Instability.
Fuwaride (フワライド) = フワフワ fuwafuwa, Airy + ライド Ride.
Mimilol (ミミロル) = 耳 mimi, Ear + ロール Roll?
Mimilop (ミミロップ) = 耳 mimi, Ear + フロップ Flop.
Mumage (ムウマージ) = ムウマ Muuma (Misdreavus, whose name is derived from 夢魔 muma, Nightmare or Demon from dream) + マジ Mage or Magic.
Donkarasu (ドンカラス) = ドン Don (King/Lord) + カラス karasu, Crow.
Nyaluma (ニャルマー) = Corruption of ニャニャ nyanya, Sound made by cat (Meow!)
Bunyat (ブニャット) = ? + キャット Cat.
Rishan (リーシャン) = 鈴 rin, Small Bell.
Skunpoo (スカンプー) = スカンク Skunk + Poo *laughs*.
Skutank (スカタンク) = スカンク Skunk + タンク Tank.
Doomirror (ドーミラー) = 銅鏡 doukyou, Bronze Mirror + ミラー Mirror.
Dotakun (ドータクン) = 銅鐸 doutaku, Bronze Bell.
Usohachi (ウソハチ) = 嘘 uso, Lie + 鉢 hachi, Pot.
Manene (マネネ) = Corruption of マネ mane, Mimicry.
Pinpuk (ピンプク) = ピンク Pink + ラック Luck.
Perap (ペラップ) = パロット Parrott + ラップ Rap.
Mikaruge (ミカルゲ) = 御影石 mikageishi, Granite (refers to its stone base).
Fukamaru (フカマル) = 鱶 fuka, Shark + 丸い marui, Round.
Gabite (ガバイト) = ? + バイト Bite.
Gabliarth (ガブリアス) = ? + アース Earth.
Gonbe (ゴンベ) = カビゴン Kabigon (Snorlax) + ベービー Baby.
Riolu (リオル) = Corruption of Lucario's name.
Lucario (ルカリオ) = No idea. There is a widespread rumor that Lucario's name backwards by its Japanese writing (オリカル) means oracle. That's not true!
Hipopotus (ヒポポタス) = Corruption of ヒッポポタマス Hippopotamus.
Kabaldon (カバルドン) = カバ kaba, Hippopotamus + ドン Don (King/Lord).
Scorpi (スコルピ) = From スコルピオ Scorpio.
Drapion (ドラピオン) = ドラスチック Drastic (refers to its behaviour) + スコルピオン Scorpio.
Greggle (グレッグル) = フロッグ Frog + グラップル Grapple.
Dokurog (ドクロッグ) = 毒 doku, Poison + フロッグ Frog.
Muscippa (マスキッパ) = マスキプラ Muscipula (Scientific/latin name of flytrap).
Keikouo (ケイコウオ) = 蛍光 keikou, Fluorescence + 魚 uo, Fish.
Neolant (ネオラント) = ネオン Neon + ランターン Lantern.
Tamanta (タマンタ) = 玉 tama, Ball + マンタ Manta.
Yukikabli (ユキカブリ) = 雪 yuki, Snow + ブリザード Blizzard.
Yukino'oh (ユキノオー) = Means 雪の王 yuki no ou, Snow King.
Manyura (マニューラ) = 魔 ma, Evil Demon + ニューラ Nyura (Sneasel).
Zibacoil (ジバコイル) = 磁場 jiba, Magnetic Field + コイル Coil (Magnemite's Name).
Berobelt (ベロベルト) = ベロ bero, Tongue + ベルト Belt.
Dosaidon (ドサイドン) = ドン Don (King/Lord)? + サイ sai (rhinoceros) or サイドン Saidon (Rhydon).
Mojumbo (モジャンボ) = モンジャラ Monjara (Tangela) + ジャンボ Jumbo (Refers to its size).
Elecbull (エレキブル) = エレキテル Electricity + ブル Bull (refers to its bull-like appearance).
Booburn (ブーバーン) = ブーバー Boober (Magmar) + バーン Burn.
Togekisss (トゲキッス) = トゲピー Togepi + キス Kiss.
Megayanma (メガヤンマ) = メガ Mega (giant) + ヤンヤンマ Yan'yanma (Yanma)
Leafia (リーフィア) = Corruption of リーフ Leaf.
Glacia (グレイシア) = Corruption of Glace, french for ice.
Glyon (グライオン) = ライガー Gligar + スコルピオン Scorpion.
Manmoo (マンムー) = マンモス Mammoth + イノムー Inomoo (Piloswine).
PolygonZ (ポリゴンZ) = Do I have to explain?
Elrade (エルレイド) = エルボー Elbow + ブレイド Blade.
Dainose (ダイノーズ) = 大 dai, Big + ノーズ Nose.
Yonoir (ヨノワール) = 夜 yoru, Night + ノワール Noir (French for Black).
Yukimenoko (ユキメノコ) = 雪 yuki, Snow + 女の子 onna no ko (Girl).
Rotom (ロトム) = When romanised, it is Motor backwards.
Yuxie (ユクシー) = ? + ピクシー Pixie.
Emurit (エムリット) = エモーション Emotion + スプリット Sprite.
Agnome (アグノム) = ? + グノム Gnome.
Dialuga (ディアルガ) = Diamond + ?
Pealkia (パルキア) = Pearl + ?
Hederan (ヒードラン) = ヒート Heat + ヒートラ Hydra.
Regigigas (レジギガス) = Regi + ギガス Gigas (Giant)
Giratina (ギラティナ) = From Girasol? or Guillotine.
Creseria (クレセリア) = Corruption of クレセント Crescent.
Phyone (フィオネ) = マナフィ Manaphy + クリオネ Clione, Sea Angel.
Manaphy (マナフィ) = マナティー Manatee + マグニフィセント Magnificent.
SPOILER WARNING: Contains 3 not fully revealed yet Pokemon
Hope it helped.